森亜るるか、帆羽クレア、来栖エリザはまことみらい学園高等部の仲良し3人組。 ある日、3人が放課後の図書室に向かうと、誰もいないはずの地下の書庫に何者かの気配がしました。下におりてみると、そこには1冊の金色に光る本がありました。 表紙には、「未来自由の書」と書いてありましたが、そこに書かれた文字を読み上げたとたん、激しい風が起こって、本のページがバラバラに飛び散ってしまいました。 残された本の中から、マシュタン、シュシュタンと名のる妖精たちがあらわれ、本に収められていた予言のページの封印が解かれるとき、この世に災いが起こると言います。そして妖精たちは3人に封印の鍵を与え、ページを集める魔法少女「プリキュア」になるよう命じます。 その夜から、3人は魔法を使って、実体化した予言のページに立ち向かうのですが…。 3人は無事、予言の書を全部もとにもどせるのでしょうか？